Denzel Washington interpretando a Malcolm X

Tampoco faltaron incidentes durante el rodaje, que en su fase neoyorkina contó con la protección de los «Fruit of Islam», el cuerpo de defensa de los musulmanes negros. Pero lo peor llegó cuando el director y su equipo se presentaron en Sudáfrica para rodar las escenas finales de la película, con el dirigente negro Nelson Mandela como protagonista. Nelson Madela había accedido a aparecer recitando el más famoso discurso de Malcolm X, pero después de leer el guión dudó si aceptar. La presencia del director en Sudáfrica sirvió para convencerlo, pero dió un buen susto a los ejecutivos de la Warner, que no están acostumbrados a trabajar con métodos tan improvisados y totalmente expeditivos. 

El poeta y autor teatral Amiri Baraka organizó una marcha en Harlem para protestar por la película y describió a Lee como un «pequeño burgués negro», cuya versión cinematrográfica podría distorsionar la vida de Malcolm y hacer que «todos los negros de clase media duerman mejor en sus casas». El jefe del grupo religioso «Nación del Islam», Louis Farrakjan, se declaró preocupado sobre la visión que se dará del lider espiritual Elijah Muhammad, iniciador de Malcolm X en el islam y con el que éste último rompió tras una agria disputa, de la que se sabe más bien poco. 

La película reabrirá el debate sobre otro de los grandes asesinatos de la reciente historia norteamericana nunca suficientemente aclarados, siempre quedó la más absoluta duda. Malcolm X fue tiroteado por militantes musulmanes una tarde de febrero de 1965, mientras pronunciaba un mitin en el Audubon Ballroom de Harlem. Durante estos años se ha creido que el propio Elijah Muhammad estuvo tras el atentado. Spike Lee apunta en su versión la existencia de una conspiración aún mayor, sobre la que estaba informado el FBI y que nadie, según se ha sabido más tarde, quiso evitar. Denzel Washington, considerado una de las grandes promesas del joven cine negro y que recibió un oscar al mejor actor secundario por su papel en Glory, se preparó a fondo para interpretar el personaje. 

Adelgazó varios kilos, hizo un curso de adiestramiento de dos semanas en la Nación del Islam -grupo religioso al que perteneció Malcolm X- y se tiñó el pelo de un color totalmente rojo. Algunos críticos de cine han destacado las las similitudes entre el carismático activista islámico y el actor que le ha devuelto la vida veintitrés años después de su asesinato. Washington tiene 37 años, dos menos de los que tenía el activista Malcolm X cuando lo mataron. Ambos son hombres de grandes familias -Malcolm tenía 6 hijos, Washington tiene 4.